在《刺客信条：兄弟会》中，玩家将扮演主角埃齐奥·奥迪托雷（Ezio Auditore），他是一名贵族青年，生活在意大利文艺复兴时期的佛罗伦萨。故事开始于1476年，当时他的父亲和两个兄弟被谋杀，这也是引发他成为刺客的原因之一。

序章：意大利的美丽

故事从一场美丽的婚礼开始，这是玩家第一次见到埃齐奥。随后，他的哥哥弗雷多（Federico）教他如何攀爬墙壁和跑酷，还教他如何在人群中隐蔽行动。在完成这些教学任务后，弗雷多带领埃齐奥参观了佛罗伦萨的一些重要地标和名胜古迹。

然而，当他们回到家中时，他们发现他们的父亲和两个兄弟已经被谋杀。警察指责他们是谋杀犯，于是他们逃离了佛罗伦萨，开始了他们的流亡生涯。

第一章：骑士与刺客

在逃亡中，埃齐奥和他的家人遇到了一位神秘的刺客，他们称之为“骑士”。骑士告诉埃齐奥，他的父亲是一名刺客，他们被杀害是因为他们知道太多秘密。骑士向埃齐奥提供了一些关于刺客兄弟会的信息，并告诉他如何使用刺客的工具和技能。

在完成一些刺客训练任务后，埃齐奥被介绍给了一位高级刺客——马里奥·奥迪托雷（Mario Auditore），他也是埃齐奥的叔叔。马里奥开始教导埃齐奥如何成为一名真正的刺客，包括如何使用隐藏刀和各种独特的技能。

第二章：委任状

马里奥告诉埃齐奥，他需要完成一些任务来证明自己的价值，然后才能加入刺客兄弟会。这些任务包括打败一些危险的敌人和保护一些重要的人物。在完成这些任务后，埃齐奥被授予了一份委任状，这标志着他正式成为了一名刺客。

第三章：猎杀

在完成委任状后，埃齐奥开始寻找那些杀害他的家人的人。他发现这些人都是来自波吉亚家族（Borgia），这是一个强大而危险的家族，他们试图控制整个意大利。为了打败波吉亚家族，埃齐奥必须与其他刺客合作，并利用他的技能和工具来打败敌人。

最终，埃齐奥成功地消灭了波吉亚家族的一些成员，但他们的领袖——罗德里戈·波吉亚（Rodrigo Borgia）仍然在逃。在序章中，玩家将开始了一段充满冒险和危险的旅程，帮助埃齐奥成为一名真正的刺客，并打败强大的波吉亚家族。